灰指甲的危害在临床上一般是潜在的或者是渐进性的，因为灰指甲的形成主要是真菌感染以后，而造成甲板的损伤，如果灰指甲任其发展，并不治疗，可能会造成甲板的继续损毁，甚至会造成到所有的指甲，包括手指甲和脚趾甲都可能表现出损毁。而且除了损毁其他的指甲之外，也有可能会损毁到周边的皮肤，因此造成手癣和脚癣，同时病人由于灰指甲的蔓延或者发展，因此造成真菌感染的加重现象。对于男性可能由于灰指甲继续发展，因此造成真菌性龟头炎或者是真菌性包皮炎，以及股癣等等，对于女性也有可能形成真菌性阴道炎的。