毛霉菌感染人体后，通常可以及时在医生指导下使用药物进行针对性的治疗。可用于治疗毛霉菌的药物包括多烯类抗真菌药物，也是临床上首选的药物，可以有效的促进真菌细胞的凋亡。还有唑类抗真菌药物，也对部分毛霉菌具有抑制作用。除此之外，卡泊芬净等棘白霉素类抗真菌药也是常用的一类药物。而通过外科清创等手术方法清除病灶，是目前根治毛霉菌感染最有效的措施之一。