3个月婴儿拉肚子不一定会自愈，要根据导致腹泻的原因决定。若是由于孩子腹部受凉而导致拉肚子，做好腹部保暖工作的情况下，一般可以自愈。近期也应该多给孩子饮用热水进行驱寒。其次，如果是孩子患有肠炎、胃肠感冒或是肠易激综合征等疾病而导致拉肚子，则不会自愈。此种情况下，需要根据病因进行对症治疗，例如患有肠易激综合征时可以给孩子使用解痉剂、通便剂类的药物治疗。