新生儿房间隔缺损的原因最多见的就是胎儿期心脏发育的异常，也就是胎儿在母体宫内发育不完善，在胚胎发育期间导致了心脏房间隔上残留的未闭的缺损。胎儿心脏的发育受很多因素的影响，包括遗传因素以及环境因素的影响，一些原因例如染色体异位、畸变，一些病毒或细菌所导致的宫内感染。还有孕母亲在怀孕早期的时候，特别是妊娠前3个月的时候接触了放射线，患了代谢性紊乱性的疾病，缺氧以及一些有毒的药物、物质所导致的影响都可以导致胎儿心脏发育表现出不良的情况表现出。新生儿房间隔缺损是新生儿先天性心脏病中比较多见的一种类型。