对于溃结的治疗主要包括药物治疗和外科手术治疗。药物治疗主要包括氨基水杨酸类、皮质类固醇、免疫抑制剂、抗生素、益生菌以及抗TNF制剂，其中氨基水杨酸类常作为首选和维持治疗的药物，皮质类固醇也就是通常说的激素可以迅速缓解症状，多用于急性发作，而免疫抑制剂可以减轻或消除对激素的依赖，并且在氨基水杨酸维持治疗失败时可以用于溃结的维持缓解。当内科治疗无效，有手术指证时可以采取合适的手术治疗切除病变肠段。