射精之后阴茎表现出疼痛，原因主要包括以下几个方面：第一、性生活过于频繁，性生活频繁造成阴茎的功能障碍，表现出海绵体的不适感觉，在射精的时候表现出疼痛、烧灼感等等。第二、表现出泌尿系统炎症，如前列腺炎、尿道炎等等，在性活动的过程当中，诱发临床症状。第三，病人存在包皮过长、包茎、系带过短等解剖结构畸形，在性活动完成之后表现出局部的疼痛。无论哪一种情况，都建议到当地正规医院进行详细的检查，明确诊断，然后进行针对性的处理。