女性怀孕后发现有卵巢囊肿的话，那么需要根据囊肿大小及性质来决定处理方法。若孕期发现有卵巢囊肿，若囊肿较为小的话，那么为了腹中胎儿的安全，通常不进行处理。但若囊肿很大或怀疑囊肿的性质不好，那么需做手术治疗。通常情况下，女性怀孕16-24周期间最适宜进行手术，此时相对来讲子宫较稳定，不易造成流产或早产等情况。