手术治疗后的肛瘘是存在复发的可能的，部分高位复杂性肛瘘手术未完全切除深部的瘘管，后期护理不当可能会出现感染导致肛瘘复发；患者术后可能出现内口假性愈合，内部仍未完全愈合，会导致肛瘘反复发作；患者可能由于手术内口定位错误，导致肛内内口未进行处理，后期可能再次复发。患者术后要保持肛周卫生，禁食辛辣刺激的食物，避免出现便秘，降低肛瘘复发风险。