新生儿肝炎综合症需要给予抗病毒药物治疗，如更昔洛韦，可以抑制病毒复制，而且药物副作用较小。其次需要给予保肝药物治疗，常用的药物有甘草酸二铵，可以改善梗阻性黄疸症状。也可以给予葡醛内酯药物，能够帮助肝脏解毒。同时需要给予营养支持治疗，补充维生素A、维生素K、维生素D等物质，提高机体的免疫力，有利于疾病恢复。黄疸较重时可以给予熊去氧胆酸药物。