如果是由于感染引起的结肠炎选择治疗病因的药物，如果是细菌感染，可以选择左氧氟沙星或者诺氟沙星，也可以选择黄连素，如果是真菌感染引起的，可以选择氟康唑，同时也可以加用益生菌制剂，比如整肠生或者金双歧。如果是非感染性的结肠炎，比如溃疡性结肠炎或者克伦病，可以选择柳氮磺胺吡啶，或者美沙拉嗪进行抗炎治疗，另外可以选择一些中成药的制剂，比如康复新液，如果炎症比较严重或者急性期可以选择甲泼尼松龙或者泼尼松，这一类激素类药物往往对急性期的治疗会比较好，这对治疗腹痛腹泻的症状，往往效果也会很不错。