轻微结膜炎可局部治疗，冲洗结膜囊后根据病原学诊断选择相应的局部治疗药物。严重的结膜炎，如链球菌性结膜炎、沙眼等需要配合全身用药。局部治疗首先需要冲洗结膜囊，用以清洁眼球，也可使用2%到3%的硼酸溶液或是1：500至1：1000升汞溶液进行清洁。同时应避免遮盖患眼，以免分泌物不易排出而积存于结膜囊内，使结膜炎加重。如果结膜炎症状较为严重，如链球菌性结膜炎、沙眼等，则需要配合全身用药治疗。