大多数患者在医生指导下使用法莫替丁不会出现副作用，少部分患者可能出现皮肤瘙痒、皮疹等症状；也可能出现神经系统症状，表现为头痛、头晕、疲劳乏力等；还可能出现消化系统症状，例如恶心、呕吐、口干、腹泻或便秘等。极少数患者可出现心率增加、血压上升的情况，通常停药后可自行缓解，无需特殊处理。症状严重的患者需要就医干预，如腹泻可服用蒙脱石散等药物止泻。