怀孕40天同房有问题。怀孕40天胚胎发育并不是很稳定，在性生活过程中容易刺激子宫收缩，子宫持续收缩容易诱发先兆流产或意外流产。其次，在性生活过程中如果夫妻双方不注重外生殖器官皮肤清洁，性生活时男性也可能将体外细菌及其它病原体带入女性阴道内，诱发宫腔感染，影响胎儿正常发育。因此，在怀孕前三个月内都不可以同房。妊娠期间注意休息，适当补充营养物质，定期产检。