上厕所小腹痛可由多种原因引起，如受到感染性因素影响诱发泌尿系统炎症或患有泌尿系结石，如膀胱炎、膀胱结石等，就会出现这种症状；其次也不排除肠胃疾病的可能性，如不良的饮食习惯，吃了不卫生被污染过的食物，诱发急性肠胃炎或患有胃溃疡、十二指肠溃疡等疾病，都会出现腹痛症状。患者需要就医检查，若是泌尿系统结石，需要多喝水，并可以遵医嘱使用排石药物治疗。