食管镜和胃镜的区别有以下几点：1、所检查的病症情况不一样，食管镜比较适用于吞咽困难、食管梗阻、食癌、食管外部受到了挤压或者是食管癌治疗之后出现复发等一些情况。要是人体出现胃粘膜一些问题，有胃痛、胃癌等一些疾病，一般就是选择胃镜检查。2、检查方法以及之后的处理在食管镜和胃镜上也是有区别的。3、检查之后的后遗症有所区别。