脑干肿瘤的具体原因不清楚，可能与遗传因素有关系，可能存在家族遗传倾向；环境因素也与脑干肿瘤的发生有一定关系，生活的环境中有致癌因素、长期使用手机、接触高压电等可以导致脑干肿瘤的发病率升高；脑干肿瘤的发生和年龄也有关系，儿童的发病几率高于成年人，其中脑干胶质瘤有两个发病的高峰年龄段，第一个高峰在5到10岁之间，第二个高峰在40到50岁之间。