肛瘘早期和晚期的症状不同，早期患者通常无明显症状，部分患者可能存在患处压痛的情况，并伴有少量的分泌物流出，晚期患者的症状有肛门瘙痒、发热、寒战、乏力等，多数伴有瘘外口粪便、气体排出的情况。两者的治疗方法不同，早期肛瘘通常瘘管较浅，可通过肛瘘切开术、挂线疗法等治疗方式达到根治的效果，晚期肛瘘通常瘘管较深且存在多个分支，常采取挂线疗法辅助治疗，多数患者保留瘘管。