两岁孩子发烧39度属于高烧，确诊后应先遵医嘱给患儿使用退烧类药物，如布洛芬、对乙酰氨基酚等或者是通过退热栓塞肛门的方法进行治疗。其次，发烧期间还应多给孩子喝水，促进机体代谢，维持体内水电解质平衡，再辅以物理降温的方法，如温水擦浴、冰敷等控制体温。若高烧不退或者是反复发作，考虑是受到感染性因素影响引起的发热，可以入院做相关的检查，如血常规。确诊后再遵医嘱对症用药处理。