重症的巧克力囊肿患者的年复发率在5%至20%之间，五年累计复发率为40%。若巧克力囊肿患者已经使用促性腺激素释放激素拮抗剂进行治疗，轻症患者的复发率为37%，重症患者的复发率在74%。巧克力囊肿的复发率会受到病情的严重程度、治疗方式以及随访时间等多种因素的影响。因此，应该早发现，早治疗，提高疾病的预后。平时还应该留意自身的症状。若病情出现进展或者有复发倾向，应该及时就医进行治疗。