灰指甲可以在医生的指导下经过外用药，如冰醋酸，或者口服药及拔甲治疗。灰指甲的根治相对比较复杂，如果灰指甲面积非常小，建议外用抗真菌药膏治疗，但因为灰指甲的指甲生长速度非常慢，因此外用药膏一般需要使用比较长的时间才能根治。当指甲受累面积非常广泛，或者受累指甲非常多时，单单用外用药膏已经无法达到根治目的，可给予病人使用系统抗真菌治疗，可以在医生指导下口服抗真菌药物。用药期间不饮酒，吃一段时间药后，为避免导致药物性肝损伤，病人可能需要复查肝功能。