包皮内长了小肉球通常考虑是生殖器疱疹，主要是由单纯疱疹病毒感染生殖器导致，主要传染源是生殖器单纯疱疹病毒感染者，主要传播途径是性接触传播，因为单纯疱疹病毒主要存在于皮损渗液、精液、前列腺液、宫颈和阴道分泌物中。除了考虑与生殖器疱疹有关，包皮内长小肉球也有可能是尖锐湿疣的表现，此种情况主要是感染人乳头瘤病毒引起，也可经过性生活传播。