无痛电子肛门镜操作期间一般不会有明显不适感。无痛电子肛门镜其本质是在检查前，静脉注射起效快、有效时间短的麻醉药物，使患者进入睡眠状态下，做检查的时候不会有异常感觉，所以无需担心。但是由于检查的时候，需要将肛门最大限度地扩张，会对局部肌肉、黏膜造成损伤，所以检查结束麻药药效过后，可能会出现轻微不适感，多在身体承受范围内，不用过于担忧。