和普通人群相比，系统性红斑狼疮病人的死亡率会高出25倍。在最初的几年里，主要的死因是疾病活跃（例如中枢神经系统和肾脏）抑制导致的感染，然而，晚期的死亡原因则包括系统性红斑狼疮的并发症，例如末期肾病，治疗并发症和心血管疾病。同样，病人也常因为疾病活跃和药物，例如糖皮质激素和细胞毒性药物的副作用而处于病残状态。