疱疹性咽峡炎和手足口病最主要的区别是病毒类型不太一样，手足口病除了口腔有疱疹之外，手、足、臀部、躯干都会有斑丘疹。疱疹性咽峡炎和手足口病都是肠道病毒引起的疾病，最主要的区别是病毒类型不一样，手足口病是肠道病毒71型，特别容易发展成危重症的手足口病。此外，手足口病除了口腔有疱疹之外，身体其它部位也会出现疱疹和斑丘疹，如手、足、臀部、躯干等。