长期饮用柠檬水会导致牙釉质的酸性脱盐，增加龋齿发病概率。另外，有研究发现柠檬水中的柠檬酸成分较高，经常饮用会刺激胃酸分泌，导致胃黏膜受刺激，容易加重机体原有胃病症状，还会引起胃部灼热感。白癜风的将患者要避免饮用柠檬水，其中含有的维生素C会抑制酪氨酸酶活性，从而减少人体内黑色素形成；还有研究发现长期饮用柠檬水可能会刺激口腔黏膜形成口腔溃疡，发病机制尚未明确。