新生儿肝炎综合症可以服用护肝退黄的药物，如果有出血倾向可以使用维生素K预防出血，如果有巨细胞病毒感染可以使用抗病毒药物进行治疗，比如更昔洛韦等。如果肝炎综合症是遗传代谢性、肝纤维化引起的，可以进行肝移植。如果是半乳糖血症引起的，应该避免摄入任何奶类食物，用豆浆等喂养孩子。新生儿肝炎综合症预后情况与病因有关，巨细胞病毒感染引起的，预后情况比较好。