肛周脓肿难以自愈的原因在于感染部位较为特殊、保养清洁较为困难，故一般病情可持续发展。通常肛周脓肿多为病菌自肛窦侵袭肛腺引起，而肛窦本身较为隐蔽，是肛瓣及两个肛柱下端之间共同围成的开口向上的隐窝，故排便时多可积存粪便残屑且难以清除，故较易形成感染。而因肛腺较为深邃曲折，故病菌可自肛腺通过肌间隙、淋巴管蔓延至肛周间隙而形成脓肿，且脓性物质也难以自开口排出，可持续积存并导致脓肿加重。