首先，南板蓝根和板蓝根的原生植物不同，其中南板蓝根是爵床科植物马蓝的干燥根茎，而板蓝根则是十字花科菘蓝属植物菘蓝的干燥根。其次，南板蓝根的成品较为粗壮，断面呈蓝色，而板蓝根相对较细，断面呈黄色并伴有明显的射线，但因两者在中医论述中的功效较为类似，均为清热解毒、凉血利咽等，而且药材成品及原生植物的叶、实等形态较为相像，故两者的别名多有重复。