如果男性生殖器上长水泡，主要的治疗方法是药物治疗。如果是细菌感染引起，可以使用抗生素类药物进行治疗，如红霉素软膏等。如果是真菌感染引起，可以使用抗真菌药物进行治疗，如克霉唑乳膏、咪康唑乳膏、特比萘芬乳膏等。如果是病毒感染引起，需要使用抗病毒药物治疗，如阿昔洛韦乳膏等。除此之外，如果是湿疹，则可以使用炉甘石洗剂、氧化锌软膏等药物治疗。