藿香正气水是不能够用于治疗灰指甲的。所谓灰指甲，是指甲的真菌感染，诊断为甲癣或称为甲真菌病。如果经过临床及实验室检查，确定为甲真菌病，就得要给予系统的抗真菌的治疗，而藿香正气水根本不具备有抗真菌的作用，因此是不能够用于治疗灰指甲的。对于甲真菌病，需要口服伊曲康唑胶囊等抗真菌的药物，在服药期间一定严格的限制饮酒以及服用其他药物如西咪替丁、红霉素等。于病人处配合外用阿莫罗芬擦剂，疗程为三个月左右，正常是服用一周停三周，即冲击方案。